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Domestication des plantes : sélection et amélioration
Plante sauvage et plante domestiquée, traits de domestication et défenses perdues, téosinte et maïs, blé et polyploïdie, création de variétés et semences, uniformité génétique et maladies, effets de la domestication sur l’humain.
À propos de cette page
Plante sauvage, plante domestiquée : sélection et syndrome de domestication
Rappel. En 2nde, tu as vu qu’un agrosystème est un écosystème créé et entretenu par l’être humain pour produire (« Structure et fonctionnement des agrosystèmes ») ; en 1re, que les allèles naissent de mutations, au hasard (« Mutations et variabilité génétique »).
La domestication est le processus par lequel l’être humain, en cultivant une espèce sauvage et en ressemant génération après génération une partie de sa récolte, modifie ses caractères héréditaires jusqu’à obtenir une plante domestiquée, souvent incapable de se maintenir seule dans la nature. Elle débute au Néolithique, il y a environ 10 000 ans, dans plusieurs foyers indépendants : Croissant fertile (blé, orge, pois, lentille), Mésoamérique (maïs, haricot, courge), Chine (riz), Andes (pomme de terre), Afrique sahélienne (sorgho, mil).
Une sélection artificielle. L’humain choisit les plantes dont il garde les graines : il modifie ainsi les fréquences des allèles de la population cultivée. Cette sélection est d’abord empirique : fondée sur l’observation, sans connaissance des gènes, elle est volontaire (garder les plus gros épis) ou inconsciente (simple effet d’une façon de semer ou de récolter). Depuis le XXe siècle, elle est aussi programmée : un plan de croisements raisonné à l’aide de la génétique (partie 4).
Le syndrome de domestication est l’ensemble des différences héréditaires entre une plante cultivée et ses populations sauvages voisines. Le champ est un milieu nouveau (sol travaillé, semis, récolte) où les caractères avantageux ne sont plus ceux du milieu sauvage :
| Caractère | Plante sauvage : intérêt pour sa survie | Plante cultivée : intérêt pour l’agriculteur |
|---|---|---|
| Dispersion des graines (déhiscence) | épi qui se désarticule, gousse ou capsule qui s’ouvre seule : les graines se dispersent | graines retenues sur la plante : tout peut être récolté |
| Dormance | germination étalée : une mauvaise année ne détruit pas toute la descendance | germination rapide et groupée après le semis |
| Taille, nombre des graines | graines petites, protégées par des enveloppes dures | graines plus grosses ou plus nombreuses, faciles à décortiquer : meilleur rendement |
| Précocité, architecture | plante ramifiée, floraison étalée | port compact, maturité groupée |
| Défenses | toxines amères, épines, enveloppes dures contre les herbivores | goût doux, moins de toxines, peu ou pas d’épines |
| Couleur | pigments de la graine ou du fruit propres à la forme sauvage | couleur choisie selon les goûts et les usages |
Une relation mutualiste. La plante domestiquée profite de l’humain, qui la sème, la protège et l’étend sur d’immenses surfaces ; l’humain profite de la plante, qui le nourrit. Mais la plante a perdu une partie de sa capacité à se reproduire sans l’intervention humaine : un caractère favorable à la culture est souvent défavorable à l’état sauvage. Plantes et humains ont évolué ensemble : c’est une coévolution (partie 6).
Cultiver n’est pas domestiquer. Un groupe récolte chaque année des graines dans des peuplements sauvages et les sème : la population semée reste celle des plantes sauvages, ses allèles ne changent pas. Un autre groupe ressème chaque année une partie de sa propre récolte : seules les plantes qui ont produit dans le champ transmettent leurs allèles. C’est cette boucle « semis → récolte → semis » qui domestique.
Les amandes douces. Les amandes des amandiers sauvages sont amères : elles contiennent de l’amygdaline, qui libère du cyanure lorsqu’on les mâche et dissuade les animaux qui mangent les graines. Chez l’amandier cultivé, une mutation ponctuelle d’un gène régulateur, bHLH2, empêche l’expression de deux gènes de la voie de synthèse de l’amygdaline (Sánchez-Pérez et coll., 2019) : l’amande est douce. Désavantageux pour l’arbre sauvage, dont les graines sont mangées, cet allèle a été retenu par l’humain, qui a multiplié les arbres à amandes douces.
Réflexe — devant un caractère d’une plante cultivée, je me demande à qui il profite : à la plante dans la nature, ou à l’agriculteur dans le champ ? Puis je rappelle qu’il est héréditaire : la sélection a retenu un allèle.
Attention — « la plante s’est adaptée pour nourrir l’humain » est une formulation finaliste : les variants apparaissent par mutation, au hasard, et l’humain a retenu ceux qui l’intéressaient. Et une plante cultivée n’est pas « mieux adaptée » dans l’absolu : elle l’est au champ, pas à la vie sauvage.
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Téosinte et maïs : quelques gènes, de nombreuses variétés
| Caractère | Téosinte | Maïs |
|---|---|---|
| Tiges | nombreuses ramifications latérales longues | une tige principale, ramifications très courtes |
| Épis femelles | nombreux et petits, 5 à 12 grains | un à trois, plusieurs centaines de grains |
| Grains | enfermés dans une enveloppe dure | nus, accessibles |
| À maturité | l’épi se désarticule et disperse ses grains | l’épi reste entier |
Une espèce, de nombreuses variétés. Une variété est un ensemble d’individus d’une même espèce, distinct, homogène et stable, obtenu par sélection et adapté à des conditions données. Une espèce cultivée en compte souvent beaucoup : c’est une forme de biodiversité. Betterave sucrière, betterave potagère, bette et betterave fourragère sont des variétés de Beta vulgaris ; la pomme de terre a de nombreuses variétés aux tubercules de formes et de couleurs variées ; en 3e, tu as vu que le chou-fleur, le brocoli et le chou de Bruxelles viennent du même chou sauvage (« Génétique et évolution ») : selon la variété, la sélection a développé les feuilles serrées autour du bourgeon terminal (chou pommé), l’inflorescence (chou-fleur, brocoli), les bourgeons latéraux (chou de Bruxelles) ou la base de la tige (chou-rave). Le chou se reproduit surtout par pollinisation croisée, assurée par les insectes. Cette diversité résulte de mutations dans des gènes particuliers, retenues par sélection.
Un appauvrissement de la diversité allélique. L’étude des génomes montre que les plantes cultivées portent moins d’allèles que leurs populations sauvages : seules quelques populations sauvages ont été mises en culture, avec une partie seulement de leurs allèles. C’est un goulot d’étranglement, suivi de la sélection, qui élimine les allèles défavorables à la culture.
La tomate et le gène fw2.2. Les tomates sauvages portent de petites baies ; une tomate cultivée peut atteindre un kilogramme. Toutes les espèces sauvages étudiées portent un allèle « petit fruit » du gène fw2.2, toutes les lignées modernes l’allèle « gros fruit » : ce seul gène change la masse du fruit de 30 % au plus (Frary et coll., 2000), et ses allèles diffèrent surtout par leur régulation. Il ne suffit pas à tout expliquer : d’autres gènes ont ajouté leurs effets.
Lire la cause d’une différence. Si les deux allèles codent la même protéine mais que l’ARNm est plus abondant chez la forme cultivée, la différence vient de l’expression du gène (séquence régulatrice). Si la protéine change d’un acide aminé, elle vient de la séquence codante.
Réflexe — même protéine, quantité différente → séquence régulatrice ; protéine différente → séquence codante. Interfécondité avec descendance fertile → même espèce, quelle que soit la ressemblance.
Attention — la domestication a sélectionné des allèles, apparus par mutation au hasard et souvent déjà présents à faible fréquence dans les populations sauvages ; elle n’a pas créé de gènes nouveaux. Et « maïs et téosinte sont deux espèces » est faux : leurs descendants sont fertiles.
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Le blé : hybridations et polyploïdie
Des hybridations successives. L’amidonnier est issu d’une hybridation naturelle ancienne entre deux graminées diploïdes (génomes A et B), suivie d’un doublement des chromosomes. Le blé tendre (Triticum aestivum), celui du pain, apparaît il y a environ 9 000 ans dans des champs cultivés : un amidonnier cultivé s’hybride spontanément avec une graminée sauvage, Aegilops tauschii (DD, ).
L’allopolyploïdisation. L’hybride ABD () est stérile : ses chromosomes n’ont pas d’homologue avec lequel s’apparier à la méiose. Un doublement accidentel du nombre de chromosomes donne AABBDD () : chaque chromosome retrouve un homologue, la méiose redevient normale et la plante est fertile. Le blé tendre est une espèce nouvelle, hexaploïde, isolée de ses parents.
Le blé dur (AABB, ), utilisé pour les pâtes et la semoule, dérive de l’amidonnier. Le blé s’autoféconde le plus souvent (chapitre « Reproduction de la plante »), ce qui facilite l’obtention de lignées homogènes.
La moutarde brune (Brassica juncea) : navette (AA, ) × moutarde noire (BB, ). Gamètes : A () et B (). L’hybride AB possède chromosomes, tous sans homologue : il est stérile. Après doublement : AABB, , chaque chromosome a son homologue. On obtient une plante fertile de formule AABB : c’est bien celle de B. juncea.
Réflexe — j’écris la formule génomique et de chaque parent ; un gamète porte chromosomes, un lot de chaque génome ; l’hybride additionne les deux ; je cherche ensuite si chaque chromosome a un homologue.
Attention — un hybride entre espèces est stérile parce que ses chromosomes n’ont pas d’homologues, pas à cause de leur nombre : un hybride peut avoir autant de chromosomes que chacun de ses parents et rester stérile. Et l’hybride F1 de deux lignées d’une même espèce, lui, est fertile.
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Créer des variétés : sélection, hybridation, biotechnologies et semences
— Sélection massale : ressemer les graines des plus beaux individus de la population. Simple, elle ne demande aucune connaissance génétique : c’est celle des premiers agriculteurs. Elle est lente, car le phénotype choisi dépend aussi du milieu (sol, emplacement), qui ne se transmet pas.
— Sélection généalogique : suivre la descendance d’individus choisis et les autoféconder pendant plusieurs générations pour obtenir des lignées pures (homozygotes), donc des variétés homogènes et stables.
— Hybrides F1 : le croisement de deux lignées pures donne une F1 homogène (même génotype hétérozygote pour toutes les plantes), souvent plus vigoureuse que ses deux parents : c’est l’hétérosis, exploitée chez le maïs depuis les années 1930. Ressemée, la F2 est hétérogène : l’agriculteur rachète ses semences chaque année.
— Rétrocroisements : pour transférer un allèle (une résistance portée par une espèce sauvage apparentée) dans une variété performante, on croise les deux, puis on recroise plusieurs fois les descendants avec la variété, en ne gardant à chaque génération que ceux qui portent l’allèle ; on autoféconde enfin les derniers hétérozygotes Rr et l’on garde le quart RR de leurs descendants. Les gènes voisins de l’allèle transféré, sur le même chromosome, sont souvent transmis avec lui : la plante obtenue reste un peu différente de la variété. La part moyenne du génome du donneur est divisée par 2 à chaque rétrocroisement : après rétrocroisements (BCn), elle vaut .
— Hybridation entre espèces et polyploïdisation : le croisement de deux espèces, suivi d’un doublement des chromosomes provoqué par la colchicine, crée des espèces qui n’existaient pas, comme le triticale (blé × seigle).
— Sélection assistée par marqueurs : repérer par une analyse d’ADN, dès le stade plantule, les individus qui portent l’allèle recherché accélère toutes ces méthodes.
Les biotechnologies. La transgénèse introduit dans le génome un gène d’une autre espèce, souvent grâce à une bactérie du sol, Agrobacterium tumefaciens, qui transfère naturellement un fragment de son ADN aux cellules végétales (chapitre « Complexification des génomes ») ; en 1re, tu as étudié le riz doré (« Génétique et expression de l’information génétique »). L’édition du génome (CRISPR-Cas9) modifie un gène de la plante elle-même à un endroit précis, sans ajout nécessaire d’ADN étranger. La transgénèse franchit la barrière des espèces ; l’édition fait gagner des années de sélection.
La production de semences, une activité spécialisée. Des entreprises (obtenteurs, semenciers) créent et multiplient les variétés. En France, une variété nouvelle n’est commercialisée qu’après inscription au Catalogue officiel, qui suppose des épreuves de distinction, d’homogénéité et de stabilité (DHS) et, pour les grandes cultures, de valeur agronomique, technologique et environnementale. L’obtenteur peut la protéger par un certificat d’obtention végétale ; pour certaines espèces, dont le blé tendre, l’agriculteur peut ressemer une partie de sa récolte (semences de ferme) en rémunérant l’obtenteur. Dans l’Union européenne, les plantes génétiquement modifiées sont soumises à une réglementation stricte ; le règlement adopté définitivement le 17 juin 2026, applicable deux ans après sa publication, sépare les plantes issues de nouvelles techniques génomiques : celles de catégorie 1, aux modifications limitées qui pourraient aussi être obtenues par sélection classique, sont traitées comme des plantes conventionnelles (semences étiquetées) ; celles de catégorie 2 restent soumises aux règles des OGM ; aucune n’est admise en agriculture biologique.
Des enjeux de société. Ces semences financent la recherche et apportent rendement et résistances ; elles posent aussi des questions débattues : dépendance des agriculteurs qui rachètent leurs semences, droits de propriété (certificats, brevets), concentration du secteur, place des variétés locales, acceptation des plantes modifiées.
Trois rétrocroisements. Après BC3, la part moyenne du génome du donneur vaut ; la variété receveuse en fournit en moyenne 93,75 %. À chaque génération, le croisement Rr × rr donne une moitié de descendants Rr, repérés par un test, et seuls ceux-là sont recroisés.
Une domestication accélérée par édition. Chez plusieurs espèces de Solanum à épines, dont des espèces sauvages, l’inactivation du gène LOG par CRISPR-Cas9 a donné des plantes sans épines (Satterlee et coll., 2024) : un trait de domestication obtenu en une génération, sans croisement.
Réflexe — pour reconnaître une technique, je me demande : choisit-on seulement des reproducteurs (sélection), croise-t-on des individus (hybridation, rétrocroisement), ou agit-on directement sur l’ADN (génie génétique) ? Et le gène vient-il de la même espèce ou d’une autre ?
Attention — « seuls les OGM ont un génome modifié » est faux : toutes les plantes cultivées ont un génome transformé par des millénaires de sélection et d’hybridation. Le génie génétique se distingue par sa méthode, une action directe et ciblée sur l’ADN. Et ressemer une F1 ne redonne pas la F1.
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Uniformité génétique, maladies et ressources génétiques
Uniformité = vulnérabilité. La perte de certaines défenses des plantes sauvages (toxines, capacité de dissémination) et l’extension d’une même culture sur de grandes surfaces favorisent le développement des maladies infectieuses des plantes. Un parasite qui contourne la résistance d’une variété atteint d’un coup toutes les parcelles qui la portent, et les grandes surfaces uniformes lui permettent de se propager vite.
— En Irlande, en 1845-1849, la pomme de terre, multipliée par tubercules à partir de très peu de variétés, est ravagée par le mildiou : la famine fait environ un million de morts (3e, « Génétique et évolution »).
— Les bananiers d’exportation, multipliés par rejets, sont des clones d’une seule variété : une maladie, due à un champignon ou à un virus, peut toucher toutes les plantations à la fois (5e, « La reproduction sexuée »).
Des pratiques culturales pour compenser. Ces fragilités sont compensées par des pratiques spécifiques : rotation des cultures, mélange de variétés ou d’espèces dans une même parcelle, alternance des gènes de résistance, traitements, lutte biologique contre les ravageurs.
Les ressources génétiques. Les variétés anciennes et les espèces sauvages apparentées sont des réservoirs d’allèles (résistance aux maladies, tolérance à la sécheresse ou à la chaleur). Les exploiter permet d’envisager de nouvelles méthodes de culture : réduction de l’usage des intrants (engrais, pesticides), limitation des ravageurs, adaptation au changement climatique.
Conserver la biodiversité cultivée. Ex situ : banques de graines (comme la réserve mondiale du Svalbard) et collections vivantes. In situ : variétés locales entretenues par les agriculteurs, apparentés sauvages protégés dans leur milieu, où ils continuent d’évoluer.
Un mélange de variétés. Dans une parcelle où alternent une variété sensible à un champignon et une variété résistante, une partie des spores produites sur une plante sensible tombe sur une plante résistante, où elles ne se développent pas : la maladie progresse moins vite que dans une parcelle d’une seule variété sensible.
Pourquoi conserver une variété peu productive ? Une variété locale à faible rendement peut porter le seul allèle de tolérance à la sécheresse connu chez l’espèce : on le transférera par rétrocroisements dans une variété élite. Sa valeur est celle de ses allèles, pas de son rendement.
Réflexe — face à un risque de maladie, je regarde la part de la surface qui porte la même variété ou le même gène de résistance : plus elle est grande, plus une seule souche nouvelle du parasite peut faire de dégâts.
Attention — une banque de graines ne suffit pas : les graines stockées n’évoluent plus et doivent être régulièrement ressemées pour rester viables. La conservation in situ, où les plantes continuent de s’adapter aux parasites et au climat, reste indispensable.
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Quand la domestication modifie l’humain : amylase et oméga-3
L’amylase salivaire. L’amylase de la salive commence la digestion de l’amidon des graines et des tubercules. Son gène, AMY1, existe en un nombre variable de copies selon les personnes, issues de duplications. Le chimpanzé en a 2 (une par chromosome) ; les humains en ont souvent beaucoup plus. Plus une personne en porte, plus sa salive contient en moyenne d’amylase. Les populations dont l’alimentation est riche en amidon (agriculteurs, mais aussi chasseurs-cueilleurs mangeurs de tubercules) portent en moyenne plus de copies que celles dont l’alimentation en est pauvre (Perry et coll., 2007).
Les oméga-3. Les plantes apportent surtout un oméga-3 à chaîne courte (l’acide α-linolénique) ; poissons et mammifères marins apportent des oméga-3 à longue chaîne, indispensables au cerveau et à la rétine. Les enzymes codées par les gènes FADS1 et FADS2 participent à la fabrication des formes longues à partir des courtes. Chez les premiers agriculteurs européens, au régime surtout végétal, des allèles qui augmentent cette synthèse ont été sélectionnés (Mathieson et coll., 2015 ; Buckley et coll., 2017). Chez les Inuits du Groenland, dont l’alimentation marine est riche en oméga-3 à longue chaîne, d’autres allèles des mêmes gènes ont été sélectionnés (Fumagalli et coll., 2015).
Une coévolution. L’humain a sélectionné les plantes, et les plantes cultivées ont, en retour, orienté la sélection de gènes humains. En 1re, tu as vu un autre exemple lié à l’élevage, la persistance de la lactase (« Génome et histoire humaine ») ; d’autres interactions entre culture et évolution sont étudiées dans le chapitre « Diversification du vivant : symbioses, comportements et culture ».
Deux régimes, deux directions. Les mêmes gènes FADS ont été sélectionnés dans des sens opposés : vers plus de synthèse là où l’alimentation manquait d’oméga-3 à longue chaîne (régime végétal), vers moins là où elle en apportait beaucoup (régime marin). La sélection ne vise pas un « meilleur » allèle : elle favorise celui qui convient au régime du moment.
Compter des copies. Une personne a reçu un chromosome portant 3 copies d’AMY1 de sa mère et un chromosome portant 5 copies de son père : elle a copies. Ses enfants recevront l’un ou l’autre de ces deux chromosomes : 3 ou 5 copies venues d’elle.
Réflexe — je déroule la chaîne : pratique culturelle (culture, alimentation) → milieu modifié → pression de sélection → fréquence d’un allèle qui change dans la population.
Attention — l’alimentation riche en amidon ne crée pas de copies d’AMY1 : les duplications apparaissent au hasard, et la sélection change seulement leur fréquence. Et ne confonds pas l’évolution culturelle, transmise par apprentissage, avec l’évolution biologique, transmise par les gènes.
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Pour aller plus loin
Ces notions touchent au chapitre, mais elles sont traitées dans d’autres chapitres.
- L’organisation de la plante à fleurs (racines, tiges, feuilles, tissus conducteurs) et la photosynthèse : chapitres « Plantes à fleurs : organisation fonctionnelle » et « Plante productrice de matière organique ».
- La pollinisation, l’autofécondation et la dissémination des graines : chapitre « Reproduction de la plante : entre vie fixée et mobilité ».
- La méiose, les brassages et les croisements de lignées pures : chapitre « Reproduction sexuée : méiose, brassages et fécondation ».
- Le calcul des fréquences alléliques et la sélection naturelle d’une résistance : chapitre « Évolution des génomes : Hardy-Weinberg, sélection et dérive ».
- La domestication est une sélection artificielle, empirique (volontaire ou inconsciente) puis programmée : en ressemant une partie de ses récoltes, l’humain a retenu des caractères héréditaires utiles au champ (graines retenues, germination groupée, grosses graines, défenses réduites), défavorables à l’état sauvage. Plante et humain forment une relation mutualiste.
- Peu de gènes à effet majeur font une plante cultivée (maïs : tb1 plus exprimé, tga1 modifié) ; les nombreuses variétés d’une espèce viennent de mutations de gènes particuliers, mais la domestication a appauvri la diversité allélique (goulot d’étranglement).
- Hybride de deux espèces : n₁ + n₂ chromosomes sans homologues, stérile ; après doublement, chaque chromosome a son homologue, la plante est fertile et constitue une espèce nouvelle (blé tendre AABBDD, 2n = 42).
- Créer une variété : sélection massale ou généalogique, hybrides F1 (hétérosis), rétrocroisements (part du donneur = (1/2)ⁿ⁺¹ après BCn), hybridation entre espèces et colchicine, transgénèse et édition du génome ; les semences, produites par des entreprises spécialisées et inscrites au Catalogue officiel, posent des questions de société.
- L’uniformité génétique et la perte des défenses favorisent les maladies (pomme de terre en Irlande, banane) : pratiques culturales, ressources génétiques et conservation ex situ et in situ y répondent. En retour, le régime issu de l’agriculture a sélectionné des gènes humains (copies d’AMY1, allèles FADS).
Questions fréquentes
Qu’est-ce que la domestication des plantes ?
C’est le processus par lequel l’être humain, en cultivant une espèce sauvage et en ressemant génération après génération une partie de sa récolte, a modifié ses caractères héréditaires : graines retenues sur la plante, germination rapide et groupée, graines et fruits plus gros, défenses réduites. Commencée il y a environ 10 000 ans dans plusieurs foyers indépendants, elle a produit des plantes cultivées qui dépendent de l’humain pour se reproduire : c’est une relation mutualiste.
Quelle est la différence entre la téosinte et le maïs ?
La téosinte, ancêtre sauvage du maïs, est très ramifiée et porte de nombreux petits épis de 5 à 12 grains enfermés dans une enveloppe dure, qui se désarticulent à maturité. Le maïs a une tige principale et un à trois gros épis de plusieurs centaines de grains nus, qui restent entiers. Ces différences reposent surtout sur quelques gènes à effet majeur (tb1, tga1) ; les deux formes restent interfécondables et appartiennent à la même espèce.
Pourquoi le blé tendre a-t-il 42 chromosomes ?
Le blé tendre est hexaploïde (AABBDD) : il est né de l’hybridation d’un blé cultivé tétraploïde (AABB, 28 chromosomes) avec une graminée sauvage, Aegilops tauschii (DD, 14 chromosomes), suivie d’un doublement du nombre de chromosomes. L’hybride à 21 chromosomes était stérile ; après doublement, chaque chromosome possède un homologue à la méiose, d’où une espèce nouvelle et fertile.
Comment crée-t-on aujourd’hui de nouvelles variétés de plantes ?
Par sélection (massale ou généalogique), par croisements (hybrides F1 de deux lignées pures, rétrocroisements pour transférer un allèle, hybridation entre espèces suivie d’un doublement des chromosomes) et par biotechnologies : transgénèse, qui introduit un gène d’une autre espèce, et édition du génome, qui modifie un gène précis de la plante. Une variété nouvelle doit réussir des épreuves officielles avant que ses semences puissent être vendues.
Comment la domestication des plantes a-t-elle modifié l’être humain ?
En changeant le régime alimentaire, elle a créé de nouvelles pressions de sélection. Les populations dont l’alimentation est riche en amidon portent en moyenne plus de copies du gène AMY1 de l’amylase salivaire. Chez les premiers agriculteurs européens, au régime surtout végétal, des allèles des gènes FADS qui augmentent la synthèse des oméga-3 à longue chaîne ont été sélectionnés. Une évolution culturelle a entraîné une évolution biologique.
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